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上新 | 助力海關病媒監測:基于MGISEQ-200的病媒物種及微生物識別組合產品

時間:2023-03-01作者:華大智造閱讀數:3952分享

“建立全球傳染病疫情信息智能監測預警、口岸精準檢疫的口岸傳染病預防控制體系和種類齊全的現代口岸核生化有害因子防控體系,建立基于源頭防控、境內外聯防聯控的口岸突發公共衛生事件應對機制,健全口岸病媒生物及各類重大傳染病監測控制機制,主動預防、控制和應對境外突發公共衛生事件。”

——摘自中共中央、國務院印發的《“健康中國2030”規劃綱要》


輸入性病媒生物引發的各種傳染病是世界性公共衛生問題之一,全球一體化為病媒傳染病的傳播提供了機會。因此,為減少輸入性病媒物種對公共衛生和生態的威脅,作為一國之門的海關口岸,具備及時、精準監測病媒物種及其攜帶微生物的能力非常重要。


目前口岸現有的輸入性病媒生物的傳統形態識別方法存在很多困難,如無法識別若蟲、卵等非成蟲態病媒、肢體殘肢不全的昆蟲、雌蟲及近緣種,在識別過程中由于缺少參考資料和參比標本、數據共享性差以及缺少形態鑒定專家等原因,無法準確快速鑒定。


采用高通量測序技術對病媒生物監測,能夠快速、精準地識別輸入性病媒生物的物種及近緣種,解決物種識別受蟲態和蟲體不完整等限制問題,可減少病媒生物本身及其攜帶病原體的擴散機會。




為此,針對海關病媒物種的監測,華大智造基于MGISEQ-200測序平臺,特別提供了病媒物種及微生物識別組合產品,該組合產品有以下特點:


01

一站式快速、精準檢測

覆蓋從樣本到報告全流程,一次實驗即可同時識別病媒生物物種及其攜帶微生物,為出入境檢驗檢疫和病媒防控提供全套工具支撐。


02

為工作人員降低操作門檻

包含豐富的物種數據庫和強大的分析功能,覆蓋9類病媒生物的DNA條形碼數據庫,并收錄細菌、真菌、病毒等2萬多種微生物數據(可定期更新),簡單操作即可自動生成病媒物種及其攜帶微生物的識別分析報告。



測試報告結果展示

以12例病媒模擬樣本為例(含6例DNA樣本、6例RNA樣本),采用華大智造病媒測序組合產品,對病媒物種及其攜帶微生物的類型進行精準識別。識別結果包括但不限于:病媒物種識別結果、病媒生物線粒體組裝序列深度分布圖、病媒所攜帶的微生物類型識別等。這些結果的輸出,對于海關工作人員而言,可以精準判斷病媒物種及其攜帶微生物類型,以快速應對境外突發公共衛生事件。


結果1:

病媒物種識別

對12例樣本進行檢測,系統自動輸出物種識別結果及線粒體的組裝序列,混合樣本輸出2條結果,所有樣本的病媒物種識別結果完全符合預期。


表1:病媒物種識別結果



結果2:

病媒生物線粒體組裝序列深度分布圖

該組合產品可對每份樣本中比對到物種線粒體基因組的序列進行組裝,再將組裝后的序列中比對到數據庫中的COI參考序列做深度分析,以S2樣本為例,深度分布如圖1所示。


圖1 樣本S2的組裝序列深度分布圖


結果3:

病媒所攜帶的微生物類型識別

對樣本中所攜帶的微生物物種進行識別,以S1樣本為例,結果如表2所示,識別結果符合預期,目標微生物均被識別出,其他非目標微生物為病媒樣本自身攜帶的其他微生物。


表2 樣本S1的微生物識別結果



總結
對病媒生物及其攜帶微生物的及時有效監測是口岸公共衛生防控的重要工作。基于MGISEQ-200測序平臺的病媒物種及微生物識別組合產品,具有識別結果準確、分析功能豐富、操作簡便的特點。此外,華大智造也可提供基于DNBSEQ-G99測序平臺的適配方案,以滿足用戶需要進一步縮短檢測時間的應用需求。


總而言之,華大智造病媒監測組合產品覆蓋了從樣本到報告的全工作流程,一次實驗可同時完成病媒生物物種及其攜帶微生物類型的識別,為出入境檢驗檢疫和病媒傳染病防控提供了強大的工具支撐。


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