進入秋冬季節以來,我國急性呼吸道疾病持續上升。監測顯示,呼吸道感染性疾病的病原以流感病毒為主,此外還有鼻病毒、肺炎支原體、呼吸道合胞病毒、腺病毒等,呈多種呼吸道病原體疊加態勢。多病原監測結果提示,不同年齡群體流行的主要病原體不同;不同地區省份的呼吸道傳染病流行強度和周期也不同。高效準確地進行多病原檢測與監測對于呼吸道疾病的治療和防控至關重要。
江漢大學彭海教授團隊基于華大智造DNBSEQ-G99測序平臺,開發了呼吸道多病原鑒定MNP標記技術,可同時監測132種呼吸道病原體,并精細溯源至單堿基變異。2022年-2023年,江漢大學與湖北省疾控中心聯合探索性開展MNP技術在傳染病領域的應用研究,并分別在武漢、恩施、咸寧等地市疾控機構和醫療機構開展呼吸道多病原鑒定MNP標記技術的試點應用,采用“多病同防”策略進行病原體精準識別,提升了全省秋冬季傳染病防控工作技術水平。
圖1 .MNP技術原理及測序分析流程
12月25日,呼吸道多病原鑒定MNP標記技術負責人、江漢大學高利芬博士,在華大智造第六期DNBSEQ-G99線上分享會上進行了《基于DNBSEQ測序平臺的MNP技術在多病原鑒定中的應用》的報告,MNP技術發明人江漢大學彭海教授參與了線上的技術交流和答疑。
傳統的多病原監測方法只能監測幾種到十余種病原體,并且只能判斷病原體的有無,難以監測病原體流行演變。MNP病原譜監測技術面向流行病監測需求開發,不僅能全面、精準和靈敏的檢測病原體的有無,還能滿足病原體定量、精細溯源等特殊需求。
圖2. MNP標記技在術DNBSEQ-G99平臺的檢測、定量性能重復性測試
目前,該技術已經完成在DNBSEQ-G99測序平臺的適配,并進行了多輪真實樣本測試,表現出良好的病原體鑒定準確性、定量能力和溯源能力。DNBSEQ-G99是中小通量領域測序速度最快機型之一,可以在12小時完成PE150讀長測序,極大地提升了MNP標記技術的使用效率,同時特有的多時點數據輸出模式(bioanalysis by sequencing, BBS),可實現病原快速識別,節省寶貴的防控時間。
圖3 .MNP標記檢出的病原變異與進化分析
秉承“創新智造引領生命科技”的理念,在公共衛生領域,華大智造已形成病原微生物宏基因組測序、靶向測序、全基因組測序等應用場景的全流程產品組合,滿足新冠病毒、流感病毒、猴痘病毒、登革熱病毒等病原微生物全基因組測序和溯源需求,持續助力傳染病防控和公共衛生能力建設。
未來,華大智造還將繼續聯合行業研究機構與企業生態伙伴,不斷拓展DNBSEQ測序技術在病原微生物研究和傳染病防控領域的應用場景,為公共衛生事件的監測和預警提供更自動、更便捷、更高效的自主核心工具。