近日,上海真固生物科技有限公司(Shanghai Zhengu Biological Technology Co., Ltd.,以下簡稱“真固生物”)基于華大智造DNBSEQ-G99正式推出24小時全自動腫瘤應用解決方案。真固生物基于其SLIMamp?多重擴增建庫專利技術為華大智造全自動化流程開發LDT/RUO級的測序專用建庫試劑盒。
本次測試,基于真固生物的多癌種59基因熱點檢測試劑盒(MGI平臺),搭載華大智造中小通量測序儀DNBSEQ-G99、自動化提取儀MGISP-NE32和基因測序文庫制備儀MGISP-100,將腫瘤檢測全流程(從提取到生信分析)控制在24小時*,大幅降低了測序應用門檻,實現快速交付檢測報告,以幫助快速決策參考。
24小時高通量測序全自動解決方案
實驗流程
研究結果
下機數據
下機產出136.66M reads ,Q30可達97.88%,8個樣本混合pooling上機,整體拆分率99%,每個樣本拆分率偏差0.9%,樣本拆分均一性優異,且單樣本數據量滿足分析標準。
質控指標
真固多癌種59基因熱點檢測試劑(MGI平臺)搭載華大智造的全自動化流程(提取、建庫、測序),可實現高比對率(mapping rate)、中靶率(on target rate)和均一性(0.2x coverage)。其中G99_FFPE_SNV_1% 和 G99_FFPE_SV_1% 的0.2x coverage相對較低,可能與稀釋標準品用到的陰性標準品細胞系在PTEN基因沒有覆蓋有一定關聯。
結果準確性
DNBSEQ-G99在不同突變位點檢出頻率與理論突變頻率進行對比,FFPE樣本檢出頻率都接近理論頻率。DNBSEQ-G99平臺可100%檢出突變頻率在5%和1%的位點,搭配真固PiVAT?生信分析系統,可完整得到每個位點的分析及報告的解讀。
結果重復性
對于gDNA標準品,設置了兩組重復性測試。SNV 1-25% gDNA標準品和泛癌種800 gDNA標準品的檢測結果顯示,所有突變均檢出,重復樣本的重復性較好。此結果表明DNBSEQ-G99及自動化設備MGISP-NE32和MGISP-100,對不同樣本的提取、建庫、測序的穩定性高。
測試總結
本次測試,充分展現真固生物多癌種59基因熱點檢測試劑(MGI平臺)搭載華大智造DNBSEQ-G99及自動化提取設備MGISP-NE32和基因測序文庫制備儀MGISP-100,性能極佳,total reads、Q30和質控指標on target rate等表現優異,且可穩定檢出1%的突變頻率下的位點。
該方案從提取到分析全流程時間實現在24小時*,大幅降低了本地化開展腫瘤檢測的門檻。腫瘤檢測從傳統“7-10日交付”周期正式邁入“日交付”新時代!
涉及產品信息
*因樣本類型不同,會有一定時間波動