近期，華大智造針對DNBSEQ平臺的甲基化建庫與測序進行了全面升級，推出新一代建庫產品MGIEasy 全基因組甲基化文庫制備試劑盒V3.0（MGIEasy Whole Genome Methylation Sequencing Library Prep Kit V3.0，以下簡稱WGMS V3.0）。WGMS V3.0以雙鏈加接頭方法為基礎，對經物理打斷方法獲得的DNA片段進行建庫，并適配酶法轉化，將非甲基化的胞嘧啶（C）轉化為尿嘧啶（U），搭配DNBSEQ平臺，能夠實現單堿基精度地解析DNA甲基化狀態，構建精細的全基因組甲基化圖譜。WGMS V3.0可為大人群表觀組研究、表觀遺傳基礎科研、動植物研究、疾病甲基化標志物篩選、藥物研發等多個領域提供高效而準確的全基因組甲基化建庫方法。

當前，WGMS V3.0已適配MGISEQ-2000平臺，結合MGISEQ-2000平臺的升級算法，測序時可以不添加平衡文庫，實現0平衡文庫的純甲基化文庫測序。此外，華大智造研發團隊針對WGMS V3.0適配DNBSEQ-T7已啟動最后的穩定性測試，更多實測數據將持續分享，敬請期待。

產品亮點

• 可獲得更大文庫插入片段，支持PE150測序
• 起始量范圍廣，可兼容100~1000ng gDNA建庫起始量，5~20ng cfDNA建庫起始量
• 兼容多種樣本類型，包括血液、新鮮組織、細胞樣本、FFPE樣本、血漿樣本，以及常見動植物gDNA樣本
• 建庫采用磁珠純化方法，全流程適配自動化設備
• 搭配DNBSEQ平臺測序數據利用率高，基因組覆蓋度高，甲基化檢測一致性高

實測數據

1、0平衡文庫，數據利用率高，輕松實現“1庫1 lane”

采用3個不同批次的WGMS V3.0構建NA12878標準品的DNA甲基化文庫，不加平衡文庫，平行上機MGISEQ-2000 ECR7.0（搭配SM測序試劑）和ECR7.1（搭配SM 2.0測序試劑），PE150測序，單lane reads產出基本穩定在400 M左右，單個文庫可獲得約120G的原始下機數據，可輕松實現“1庫1 lane”，且測序質量良好，SM測序試劑Q30穩定在89%左右，SM2.0測序試劑Q30穩定在94%左右，Q40穩定在87%左右（表1），Read1和Read2的測序堿基分布線幾乎穩定在一條水平線上，測序質量高（圖1）。

表1. WGMS V3.0適配MGISEQ-2000平臺測序數據

圖1. Read1和Read2的測序堿基分布

不同文庫的MGISEQ-2000 PE150測序數據clean rate≥95%，截取110Gb clean data進行分析，平均測序深度均≥30x，搭配ECR7.0軟件版本測序儀的全基因組20×coverage≥85%，ECR7.1軟件版本測序儀的全基因組20×coverage≥90%。質控文庫Lambda DNA非甲基化C轉U的轉化率≥99%，不同批次建庫試劑盒及不同測序試劑版本下的NA12878標準品DNA的全基因組甲基化率保持在相當的水平（43~45%）。

表2. WGMS V3.0適配MGISEQ-2000平臺的測序數據

3、文庫插入片段大

試劑盒適配轉化損傷小的酶法轉化，增大了文庫插入片段長度，更好地支持PE150測序。不同批次建庫試劑盒構建的NA12878標準品DNA甲基化文庫的插入片段（主峰約280bp）表現一致。

圖2. DNA甲基化文庫的插入片段大小

4、M-bias低

試劑盒優化了末端修復反應體系和步驟，降低了Reads末端M-bias堿基個數。SM2.0版測序試劑搭配ECR7.1軟件版本所獲結果顯示，不同批次建庫試劑盒構建的NA12878標準品DNA甲基化文庫的M-bias表現一致，Bottom Strand 和Top Strand的Read1和Read2甲基化率幾乎重合。

圖3. M-bias圖

5、甲基化檢測一致性高

分析各文庫在4×測序深度下檢測到的獨有和共有的CpG位點，SM2.0版測序試劑搭配ECR7.1軟件版本所獲結果顯示，3個批次試劑盒所建的甲基化文庫的CpG位點覆蓋一致性>95%（圖4），不同建庫試劑盒批次間的甲基化率一致性可高達94%（圖5）。

圖4. lot1、lot2、 lot3 文庫的CpG位點覆蓋一致性

圖5. lot1、lot2、 lot3 文庫間的CpG位點檢測相關性分析

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