高通量測序技術在腫瘤領域發揮著越來越重要的作用。華大智造發布的最新款基因測序儀DNBSEQ-G99，以其速度快、操作簡單、上機靈活的強勁優勢，在腫瘤領域掀起了一場“速度颶風”。

作為G99的早期用戶, 世和基因采用三款自研的全景多基因腫瘤Panel對包括G99在內的五款測序儀進行了橫向測評。世和基因是中國腫瘤精準醫學領域的倡行者，現已累計檢測腫瘤樣本數十萬例，并配備了多平臺多型號高通量測序系統。9月26日，世和基因生信科學家朱淼博士在華大智造舉辦的用戶分享會中對此進行了精彩分享。

在這次早期測評中，世和基因選用了不同類型的腫瘤樣本，包括WBC(白細胞)樣本（13例）、FFPE(組織)樣本（92例）及Plasma（血漿）樣本（15例），樣本量總計120例。根據樣本類型和Panel特點，測評團隊對其中的26例樣本采用了Panel A進行了樣本前處理和測序文庫制備等操作，另外的94例樣本則對半采用了Panel B 和Panel C 進行建庫。通過將樣本及其對應的文庫在五款測序儀的上機測序，并基于現有平臺的生信算法進行分析，世和基因對多款平臺在腫瘤變異檢測方向的性能差異進行了綜合比較。結果表明：G99平臺在腫瘤方向上的測序數據產出質量高且平臺間一致性高、測序錯誤率低且平臺間轉換性高、突變檢出一致性高。

表1：世和基因G99測評方案

注：MGISEQ-200*（update）特指華大智造在2022年6月對MGISEQ-200進行全面升級后的版本

測評結論

01G99數據產出質量高，平臺間一致性高

從各平臺的下機數據來看，G99的Q30值是最高的，平均可達93.23%，這表明G99的數據產出質量高。“G99每張載片的Total Reads能達到100-120M左右”，朱淼博士表示，“相比于本次測評中其他平臺的測序載片平均500M Reads以上的有效Reads數而言，G99更能滿足少量腫瘤樣本也可隨到隨測的需求，使得我們在腫瘤方向上的應用場景更加靈活。”

表2：數據產出統計

此外，對下機數據進行質控的結果顯示：3款Panel的FOLD 80、On Target比例、GC含量等指標在各測序平臺間無顯著差異，而且G99的平均深度略高于其它平臺。這表明G99的平臺間一致性高，并且G99的測序覆蓋度在各個Panel的覆蓋更均一。

測評結論02

G99測序錯誤率低，平臺間轉換性高

根據測序錯誤率的統計分析以及3款Panel的整合結果顯示，G99整體錯誤率是最低的。從IGV比對文件中，我們可以看到：G99平臺在測序錯誤率方面的表現非常出色。這說明G99的測序Bais低，而且對其他平臺的生信算法也能夠很好地進行適配，平臺間的可轉換性更高。

測評結論03

G99突變檢出一致性高

通過CNV一致性統計結果顯示：G99與世和基因現有測序平臺的CNV檢出率表現高度一致，并且在重要的基因擴增中檢出表現一致；已發現的少量檢出不一致可以從生信層面提供大量的數據訓練對相關判定閾值進行適當調整和改進。

總結

作為中小通量基因測序儀的“速度王者”，DNBSEQ-G99不僅簡單靈活，而且測序質量和性能也非常給力。通過世和基因對多款平臺的橫向比較，我們可以看到，G99在腫瘤方向的數據產出和樣本質控結果表現優秀，突變檢出一致性高，平臺間一致性高、可轉換性高，為腫瘤高通量測序提供了強有力的工具支撐和平臺支撐。

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