單細胞組學已廣泛應用于基礎科研和臨床前研究,通過單細胞測序可以有效研究組織的異質性,發現新的細胞群和細胞亞群,極大的促進了我們對細胞特性、狀態、多樣性和功能的理解。本文將與您分享如何基于便攜式單細胞系統DNBelab C4開展單細胞組學研究,以及基于該系統能夠開展開哪些應用。
一、為什么需要單細胞組學研究?
組織包含各種細胞類型及細胞中間態,若使用群體測序方法,只可以得到組織細胞類型的基因表達均值,無法體現特定或少量細胞類型的基因表達信息。而單細胞測序技術可以檢測單個細胞的基因表達譜,能夠有效開展組織異質性研究,提升研究分析的精準度。
二、便攜式單細胞系統DNBelab C4
由于單細胞組學研究較大程度依賴相關儀器,且研究成本較高,因此在一定程度上限制了單細胞領域的科研探索以及應用轉化。
在此背景下,華大智造推出了便攜式單細胞系統DNBelab C4 ,DNBelab C4 小巧輕便,無需電源,重量不到220g,操作簡單,可隨時開始單細胞建庫,同時可有效降低單細胞建庫成本。
該系統擁有:
1. 低雙胞率
2. 穩定的基因檢測能力
3. 高效捕獲轉錄本及稀有細胞類型
可支持手工建庫或使用MGISP系列自動化建庫,基于DNBSEQ測序平臺檢測,能夠獲得更高質量數據。對于已在其他測序平臺上開展的研究項目,也可支持多平臺數據整合分析。
三、DNBelab C4可支持的應用
DNBelab C系列細胞組學產品,包含DNBelab C便攜式單細胞系統、DNBelab C系列單細胞文庫制備套裝以及DNBelab C系列單細胞分析工具包。基于便攜式單細胞系統DNBelab C4,可以支持High-throughput 3' scRNA-seq、High-throughput scATAC-seq等,同時在Multi-omics approaches等領域也已經開展相關探索及開發。
近期一項研究[1] 利用DNBelab C4便攜式單細胞系統,對食蟹猴的主要組織器官(肺、腎臟、肝、胰腺、大腦、主動脈、甲狀腺、腮腺和血液)進行單細胞轉錄組測序,建立了食蟹猴單細胞轉錄組數據庫,鑒定出44種食蟹猴的主要細胞類型,在國際上首次完成構建非人靈長類單細胞圖譜。
四、千萬單細胞轉錄組計劃
在2019年華大智造拉脫維亞基地開幕儀式上正式啟動“1000萬單細胞轉錄組計劃(10 Million Single-cell Transcriptome Project, scT10M)”,該計劃將利用DNBSEQ平臺以及DNBelab C系列等高通量、高精準度的單細胞測序研究工具和策略,對人類和其他物種開展單細胞測序和分析,并與科學界共享數據和研究成果。scT10M計劃的合作伙伴已包括英國、德國、丹麥等國家的科學家,目前開放招募合作,如有興趣可與我們聯系(郵箱 P_sc10M@genomics.cn)。
參考文獻:
【1】Single-cell atlas of a non-human primate reveals new pathogenic mechanisms of COVID-19
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