9月19-23日,第二十一屆全國臨床腫瘤學大會暨2018年中國臨床腫瘤學會(CSCO)學術年會在廈門國際會議中心舉行。華大智造攜BGISEQ-500, MGISEQ-2000, 《高通量測序腫瘤應用解決方法》,《高通量測序外顯子捕獲解決方法》驚艷亮相,展會現場互動交流不斷。展會上,產品經理王琳琳和史磊,分別就《高通量測序腫瘤應用解決方法》和《高通量測序外顯子捕獲解決方法》進行了宣講及案例介紹。本文節選自《高通量測序腫瘤應用解決方法》的現場演講,全文約3000字(含圖文),預計閱讀時間4分鐘。
關于癌癥
癌癥又稱為惡性腫瘤,是一組可影響身體任何部位的多種疾病的統稱,是世界上死亡率最高的疾病之一。2018年初,國家癌癥中心發布了的最新一期的全國癌癥統計數據,平均每天超過1萬人被確診為癌癥,每分鐘有7個人被確診為癌癥。2014年全國惡性腫瘤估計新發病例數380.4萬例,占世界的1/4,每一個數據都在告訴我們:中國正在面臨著一場抗癌戰爭。
如何打響防癌抗癌保衛戰
隨著精準醫療的興起和第二代基因測序技術的普及,腫瘤基因測序已經成為腫瘤科研和臨床上的常用 方法。華大智造作為基因測序工具提供商,致力于為腫瘤研究科學家、臨床醫生提供高質量、簡便、快 捷的基因檢測平臺,加速腫瘤研究進展,為腫瘤預防、診斷、治療提供輔助工具。
華大智造腫瘤應用平臺為什么能打響防癌抗癌保衛戰
在這場戰役中,華大智造提供全線產品,涵蓋文庫制備到數據分析的NGS全流程,為用戶提供高效、準確、高性價比的腫瘤應用產品。
文庫制備試劑盒
華大智造開發有多種腫瘤研究的應用建庫試劑盒。以WGS測序為例,用戶可以通過物理打斷或者酶切打斷的方式,將樣本DNA打斷成合適大小的片段,通過末端修復,接頭連接,PCR擴增,環化等步驟,制備得到單鏈環化產物,用于測序。
華大智造同時提供有自動化樣本制備系統MGISP-100,可自動化實現核酸提取、文庫制備等實驗操作,能夠自動化制備16個文庫,涵蓋核酸提取,末端修復,接頭連接,PCR,環化,DNB制備等全過程,適用于多種腫瘤應用,例如腫瘤樣本的WGS, WES, 靶向基因測序等建庫過程。
測序
通過文庫制備獲得的單鏈環狀DNA產物,利用滾環擴增技術(Rolling Circle Amplification, RCA), 形成DNA納米球(DNA Nanoball,DNB); 通過樣本 加載系統,將DNB規則固定在陣列化測序芯片上;采用優化的聯合探針錨定聚合技術(Combinatorial Probe Anchor Synthesis, cPAS),使得DNA分子錨和熒光探針在DNB上進行聚合,利用高分辨率成像系統對熒光信號 進行采集,光信號經過數字化處理后,獲得DNA序列結果。 目前推出的測序儀中適用于腫瘤應用的主要有MGISEQ-200和MGISEQ-2000。
數據分析
華大智造開發的生信分析加速器-MegaBOLT, 內置有全基因組測序分析系統和全外顯子測序分析系統,支持WGS和WES的快速分析,例如100Gb全基因組分析時間縮短至2 小時,而12Gb全外顯子組分析只需20分鐘,相較于傳統分析方法,MegaBOLT可以使分析效率提升16至20倍, 有效降低測序分析的成本,為腫瘤組學研究提供快捷工具。
Tips:管理工具
特別地,用戶還可以選擇配置Zebra LIMS(實驗室信息管理系統),用于實驗全流程的管理。通過掃碼或者手工錄入樣本信息,記錄實驗過程數據,監控樣本的實時狀態,實現從樣品到報告的溯源分析、追蹤管理。
號外:
隨著測序技術發展和成本降低,臨床外顯子組測序(cWES)和全外顯子測序(WES)在遺傳病檢測領域嶄露頭角。外顯子測序借助捕獲探針(DNA或RNA)對人基因組約1-2%的區域測序,可覆蓋絕大多數基因的編碼序列和>99%(臨床基因組資源庫,ClinGen)疾病相關區域。華大智造基于自有的探針合成平臺和高通量測序儀(MGISEQ/BGISEQ系列),現已推出MGIEasy 外顯子組捕獲V4通用試劑套裝,提供外顯子測序一站式平臺。
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