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訪談 | 華大智造首席科學家Rade Drmanac:基因不是命運,是微妙的程序(上篇)

時間:2019-08-19作者:華大智造閱讀數:8788分享

編者按:

Radoje(Rade) Drmanac 博士,華大智造首席科學家,Complete Genomics 聯合創始人,人類基因組測序領域科學家,他發明了多項技術,包括DNA雜交測序(SBH)、基因組微陣列和納米陣列、聯合探針錨定聚合技術和長片段讀取(LFR)技術等。他早年在貝爾格萊德大學(Belgrade University)獲得分子生物學學士、碩士和博士學位,在倫敦帝國癌癥研究基金會的漢斯·萊赫拉的研究小組完成博士后研究,1991年至1994年期間擔任阿貢國家實驗室組長,1994年,合伙創建Hyseq(后來的Nuvelo)。


基因測序發展的這些年,他是親歷者、見證者、締造者,他說,這一切都讓人興奮,華大智造還很年輕,一切都還剛剛開始。采訪時談到這個領域的種種,他兩眼放光,充滿信心。



從什么時候開始,您開始對測序技術產生興趣?

這是很久以前的事情,當時我在攻讀碩士學位,每天忙于在實驗室里克隆一個基因,覺得這種一個個地克隆基因的方法實在有些乏味,需要花費數年的時間對基因進行克隆和測序。我們當時一直在想,必須要有一種更好的方法對整個基因組片段進行測序。


時間到了1987年,我們才有了雜交測序的想法。實際上,這可以稱之為第一次大規模平行測序。因此,這是使用DNA陣列進行基因組常規測序,獲得大量測序數據的新方法之一。從電泳法一次測一個DNA片段到大規模平行測序法,可以在一個陣列中一次測數百萬DNA分子。最開始的序列解決方法就是使用微磁珠通過乳液PCR的方法在磁珠表面生成克隆的DNA簇。在乳液PCR后帶有簇的磁珠會放到芯片的表面,與芯片表面的探針結合,讀取堿基信息。所以,我認為這種高通量基因組學大規模測序在1987-1989年間已經開始。


測序技術將為生命領域帶來怎么樣的變化?它會對我們的日常生活產生哪些影響?

這是一個非常好,也是我十分關心的問題。基因技術的發展需要時間,慢慢地它已經對醫學、健康領域,和我們生活的方方面面產生著深刻的影響。基因信息的有趣之處在于,基因不是命運,但它是非常微妙的程序,能夠決定人體的組織如何工作。


而且這個 “基因程序” 有一個天然的好處,那就是我們自己本身就攜帶基因。我們越早地讀懂這個程序,就能越早地了解、預測我們的身心。當然,這個過程中還需要做許多的科學研究。有了這種想法,我們可以將測序的應用擴展到監測健康的其他方面。第一個目標是解讀解讀基因,解讀遺傳基因?;驔Q定了遺傳易感性——無論好壞。擁有讀懂基因的能力有時能讓我們發現其美妙之處,但有時也會發現糟糕的疾病,又或者好的壞的兼而有之。


華大智造所推動的高通量測序技術未來可以幫助我們監測健康。我們可以做很多檢測,測序成本越低,我們的檢測就能做得越深入越復雜。比如游離DNA可以告訴我們一些難以發現的基因突變; 對腸道菌群和其他微生物的深入分析可以告訴我們是否擁有健康的微生物群; 單細胞 RNA序列的免疫細胞測序可以告訴我們免疫系統如何運作。但我們基因程序是開放的,基因不僅受一些感染源和有毒物質的影響,也受環境影響,這就是為什么我們要經常監測基因的狀態。


毫無疑問,我們需要監測健康,但我們以前并不能有效地做到這一點,以前我們可以做一些簡單的事情,比如測血壓、測血糖。但分子水平的監測可以告訴我們組織的真實狀態,這是測序的條件下允許的新事物。如果我們監測健康,并在早期檢測一些變化,我們就可以盡早地預防這些疾病。


測序技術也催生了越來越多的論文,包括最近一篇令人興奮的文章,也使用了高通量測序技術。其中一種新方法是做DNA條形碼來檢測細胞中的每個分子以及這些分子之間的距離,這是十分神奇的,他們稱之為DNA顯微鏡。你不可能在這樣微小的尺度下做普通的顯微鏡檢查,但是通過條形碼在納米尺度下你可以輕易地做到。


很開心看到喬治·丘奇他們開發了原位測序技術,也有其他學者開發了原位監控技術。但是這個DNA顯微鏡技術很有意思,因為運用這種技術我們可以先做DNA條形碼,然后做常規測序而不做原位測序。除了全基因組測序,還有很多新的技術,不同類型的深度測序測試。全基因組測序也在不斷地進步,過去,可能變異基因組90%檢測到的都是正常的基因組,而現在,我們有了PCR- Free,極大地降低了錯誤率。這個技術進步很驚人,我們正在利用我們的各種技術,比如stLFR(單管長片段),努力獲取臻于完美的基因組,我們不再需要參考基因組。


正如我們前段時間內發布的“676”標準,如果說過去短讀長測序比對參考基因組,繪制出的是一幅打著“馬賽克”的“肖像畫”,而從頭組裝二倍體基因組數據,則將基因組測序真正帶入“全高清”時代,這是十分必要的,如果你想對你的遺傳基因組進行測序,最好做到準確。任何失誤都可能導致問題,我們可能會錯過一些重要的位點。我對這些技術發展感到非常興奮,使用高通量測序技術,進行更多的監測測試,我們花了30年甚至更長的時間達到這個階段。但是基因組學在醫療領域的應用還只是處于起步階段。在接下來的30年里,我相信華大智造會繼續成長、帶來更好的技術,推動更準確、更經濟、更多的應用產生。這真的很令人興奮,華大智造是一家年輕的公司,這個領域也才剛剛開始。

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