全基因組測序的重要性大家都很了解啦，在 WGS 樣本預處理階段，只要起始量允許，一旦用過 PCR-Free 建庫方法，體會過更好的變異檢測性、更少的步驟、更短的時間，你就知道再也回不去了。PCR-Free 優勢多多，但面對酶切法和物理法這兩種打斷方式，要如何作選擇呢？

如果你有和我一樣的需求：

實驗室沒打斷儀，沒法玩呀

儀器太舊了，動不動就要維修

這么多樣本，我什么時候才能打斷完

要是能從樣本開始就自動化該有多好啊~

那么酶切法 PCR-Free 就是你的不二選擇，MGIEasy 酶切 PCR-Free 建庫試劑套裝可以極好地滿足所有這些需求。

繼物理法試劑套裝之后，華大智造再次推出了基于 MGI 高通量測序平臺的 MGIEasy 酶切 PCR-Free DNA 文庫制備試劑套裝。套裝中含有高質量、低偏差的打斷酶，無需額外的打斷設備，便可以快速將基因組 DNA 打斷成片段化 DNA 進行建庫和測序，其檢測性能與物理法的 PCR-Free 性能相似。該套裝與華大智造獨有的 DNBSEQ? 測序技術相結合，全檢測流程無需 PCR 擴增步驟，實現了真正的 error free 。

MGIEasy酶切PCR-Free DNA文庫制備套裝的亮點

· 亮點一 ：酶切打斷兼容性好

經過測試，該試劑套裝對不同物種，不同類型樣本，不同的投入量樣本，使用相同的實驗條件，均能獲得條帶集中的片段產物,滿足后續建庫和測序的要求。

圖1 不同物種和不同投入量樣本的酶切打斷及片選后，片段產物的 2100 示意圖

選擇不同物種，細菌、小鼠、宏基因組、水稻各1000 ng gDNA 為起始量；人標準品 NA12878 分別1000 ng、500 ng、200 ng 為起始量，

采用 MGIEasy 酶切 PCR-Free DNA文庫制備套裝， 在相同的酶切打斷條件下打斷，可以得到主帶分布較一致且集中的 DNA 片段產物。

· 亮點二 ：操作步驟簡單，可實現全自動化建庫流程酶切法 PCR-Free

操作步驟簡單，僅需 4.5 小時即可完成文庫制備流程。與 MGISP 系列樣本處理系統結合使用，可大幅縮短手工操作時間，實現更高通量的樣本處理。

圖2  基于酶切PCR-Free的自動化建庫流程示意圖

· 亮點三 ：更準確的物種檢測豐度

對宏基因組樣本進行檢測，酶切法 PCR-Free 對物種豐度的檢測更為準確，更為靠近樣本真實組成。

圖3 不同建庫方法對 Mock 樣本中物種豐度的比較

使用模擬宏基因組樣本（6種不同GC含量菌按一定比例混合），分別使用酶切法PCR-Free和物理法PCR-Free，

傳統的物理法PCR進行建庫。MGISEQ-2000, PE150測序。截取5G的數據進行分析。

· 亮點四：檢測性能均達到物理法相似水平

酶切法 PCR-Free 變異檢測性能和物理法 PCR-Free 性能相近。SNP 的變異檢測性能達到物理法 PCR-Free、酶切法 PCR 和競品 PCR-Free 相同的水平；InDel 的變異檢測性能，達到物理法 PCR-Free 的相似水平，明顯優于傳統的酶切 PCR 的性能及競品的 PCR-Free。

圖4 比較酶切法 PCR-free 和其他 WGS

建庫方法的變異檢測性能樣本均為 NA12878，H PCR-Free 是競品物理法 PCR-free 在H平臺PE150測序（官方公布數據）截取30X 的數據，

MGISEQ-2000 PCR-Free、MGISEQ-2000 酶切PCR、MGISEQ-2000 酶切 PCR-Free 分別是用 MGIEasy PCR-Free DNA 文庫制備試劑套裝、MGIEasy 酶切 DNA 文庫

制備試劑套裝、MGIEasy 酶切 PCR-Free DNA 文庫制備試劑套裝制備的文庫在 MGISEQ-2000 PE150 測序截取 30X 的數據。

· 亮點五 ：不同建庫起始量數據表現優秀

酶切 PCR-Free 可兼容 200-1000ng 不同 gDNA 起始量，且不同起始量的變異檢測結果無明顯差異。同競品 H PCR-Free 相比較, duplicate rate 明顯更低（見圖5）; SNP 和 InDel 變異檢測性能表現更為優異（見圖6）。

圖5 比較酶切 PCR-free 和競品的測序數據 duplicate rate

樣本均為 NA12878，H  PCR-Free 是以 2000 ng gDNA 為投入量，使用物理法 PCR-free 建庫，在 H 平臺 PE150 測序（官方公布數據），

截取 30X 的數據進行分析。MGISEQ-2000 酶切 PCR-free 分別以 1000ng、500ng、200ng gDNA 為投入量，采用 MGIEasy 酶切 PCR-Free DNA 文庫制備試劑套裝

建庫，MGISEQ-2000 PE150 測序截取 30X 的數據。展示數據均采用華大智造自主開發的 MegaBOLT 快速分析流程進行分析。

圖6 比較酶切 PCR-free 不同起始量和競品的測序數據 SNP 和 InDel F-measure

樣本均為 NA12878，H  PCR-Free 是以 2000 ng gDNA 為投入量，使用物理法 PCR-free 建庫，在 H 平臺 PE150 測序（官方公布數據），截取 30X 的數據進行分析。MGISEQ-2000

酶切 PCR-free 分別以 1000ng、500ng、200ng gDNA 為投入量，采用 MGIEasy 酶切 PCR-Free DNA 文庫制備試劑套裝建庫，MGISEQ-2000 PE150測序截取 30X的數據。展示數據均采用華大智造自主開發的MegaBOLT 快速分析流程進行分析。F-measure為 Precision 和 Sensitivity 加權調和平均值，是變異檢測準確性和靈敏度的綜合評估值。

總結

在全基因組測序的文庫制備中，MGIEasy 酶切 PCR-Free DNA 文庫制備試劑套裝，除具備 PCR-Free 的全部優點外，還具有樣本兼容性好、可自動化建庫的獨特優勢。結合 MGISP 系列自動化樣本處理系統，可以實現從 gDNA到文庫的全自動化流程建庫。同時，得益于高質量、低偏差的打斷酶，酶切法試劑套裝在無擴增錯誤累積、基因組覆蓋均一性、變異檢測性等方面，均達到物理法相似水平，并能兼容不同類型樣本和不同建庫起始量。因此，酶切法套裝和 DNBSEQ? 技術相結合，將為科研和臨床組學研究帶來更精準、全面的全基因組數據。

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