近日，華大智造StandardMPS 2.0（以下簡稱“SM 2.0”）測序試劑完成了DNBSEQ-G99平臺的全讀長適配，極致覆蓋PE300讀長，G99測序質(zhì)量全面實現(xiàn)Q40。SM 2.0與G99的適配將顯著提升小型基因組測序以及腫瘤研究中變異檢測的精確度和靈敏度，并降低所需測序數(shù)據(jù)量，為全球用戶帶來前所未有的精準(zhǔn)測序體驗。此外，針對較短讀長如SE100和SE50的測序需求，SM 2.0測序試劑的引入能極大地增強(qiáng)對細(xì)菌等微生物鑒定的準(zhǔn)確性，為微生物學(xué)研究帶來新的突破。

今年2月，華大智造發(fā)布SM 2.0測序試劑，開啟DNBSEQ平臺測序質(zhì)量達(dá)Q40的時代。在PE150及以下讀長的測序場景中，SM 2.0試劑可實現(xiàn)Q40超過85%，而在更長讀長PE300測序中，Q40亦可達(dá)到80%以上。SM 2.0測序試劑中全面優(yōu)化了DNA聚合酶、MDA酶以及dNTP上的熒光染料，具有更高的聚合效率和堿基識別準(zhǔn)確度，與此同時，Q值表的優(yōu)化極大地提高了數(shù)據(jù)判讀精度。

本文總結(jié)了使用SM 2.0測序試劑的多家早期用戶，基于DNBSEQ-G99平臺在不同讀長測序條件下的實測表現(xiàn)。結(jié)果顯示，不論是長讀長PE300，還是常規(guī)的PE150讀長，在面對不同應(yīng)用的復(fù)雜文庫時，SM 2.0與G99的適配都能穩(wěn)定產(chǎn)出Q40數(shù)據(jù)，優(yōu)于參與測試的行業(yè)同類平臺。

PE300測序讀長實測

實測數(shù)據(jù)一：

用戶坐標(biāo)：中國，廣州

應(yīng)用方向：微生物16s測序，微生物功能基因測序

1.測序結(jié)果穩(wěn)定性佳，Q40高達(dá)90.37%

利用DNBSEQ-G99的SM 2.0試劑對1424個細(xì)菌樣本的V1-V3、V3-V4區(qū)域、功能基因PmoA進(jìn)行測序。測試結(jié)果表明Q40可高達(dá)90.37%，且不同批次間所得的Q30數(shù)據(jù)差異小，標(biāo)準(zhǔn)偏差僅0.25%，穩(wěn)定性佳。

2.真實還原樣本菌落組成

在微生物PCoA分析中，每個點代表一個微生物群落樣本，不同樣本用不同顏色表示，點與點在坐標(biāo)軸上的投影距離越遠(yuǎn)，則代表對應(yīng)兩個群落樣本中的整體組成結(jié)構(gòu)差異越大。將左圖中的區(qū)域隨機(jī)放大，可發(fā)現(xiàn)DNBSEQ-G99不同批次間的測序分析結(jié)果非常接近，且與友商平臺A結(jié)果相似，再次證明利用DNBSEQ-G99測序所得的不同批次間結(jié)果穩(wěn)定性佳，可還原真實微生物樣本的菌落組成。

實測數(shù)據(jù)二：

用戶坐標(biāo)：中國，武漢

應(yīng)用方向：微生物16s測序

1.測序結(jié)果質(zhì)量高，Q40高達(dá)93.42%

對小鼠和人的腸道內(nèi)容物進(jìn)行Meta-16s rRNA擴(kuò)增子測序，DNBSEQ-G99相較于友商平臺C，更多比例的堿基測序質(zhì)量值達(dá)到Q40，總體Q40水平高達(dá)93.42%。

2.測序穩(wěn)定性和數(shù)據(jù)利用率

升級后的SM 2.0試劑相較于升級前的SM試劑，測序結(jié)果穩(wěn)定性有明顯提升，并且可支持更低比例的平衡文庫投入，有效提高測序數(shù)據(jù)利用率，SM 2.0試劑搭配DNBSEQ-G99的數(shù)據(jù)利用率相較于友商平臺約高10%。

實測數(shù)據(jù)三：

用戶坐標(biāo)：中國，武漢

應(yīng)用方向：微生物16s測序

1.每樣本的total reads均超過0.1M，Q40＞86.89% ，數(shù)據(jù)質(zhì)量優(yōu)異，滿足生信分析需求。

2.兩平臺檢測結(jié)果物種注釋（屬水平）一致

對樣本進(jìn)行OTU分析，計算并均一化屬水平的豐度，結(jié)果顯示從獲得的數(shù)據(jù)開展物種注釋的結(jié)果比較，兩平臺檢測的結(jié)果基本一致。

3.DNBSEQ-G99能滿足較大范圍的擴(kuò)增子長度檢測類型

普氏分析檢測兩平臺數(shù)據(jù)集關(guān)聯(lián)程度，M2：Procrustes分析的偏差平方和，值越小表示兩個數(shù)據(jù)集的關(guān)聯(lián)程度越高，p＜0.01 表明兩個關(guān)聯(lián)數(shù)據(jù)集在不同組間趨勢極顯著一致。從獲得的結(jié)果比較，兩大平臺檢測的結(jié)果基本一致。DNBSEQ-G99平臺完全可以滿足檢測需求，除了建庫測序周期更短，檢測更高效，還能滿足較大范圍的擴(kuò)增子長度檢測類型，尤其對較長片段擴(kuò)增子檢出及分類注釋的效果好。

PE150測序讀長實測

實測數(shù)據(jù)：

數(shù)據(jù)來源：真固生物&華大智造聯(lián)合測試

應(yīng)用方向：腫瘤檢測

1.Q40高達(dá)94.35%

利用Zymo標(biāo)準(zhǔn)品樣本、真固生物的多癌種59基因熱點檢測試劑盒進(jìn)行測試，在未加平衡文庫的情況下，DNBSEQ-G99下機(jī)產(chǎn)出136.66M reads ，Q30可達(dá)97.88%，Q40可達(dá)94.35%。8個樣本混合pooling上機(jī)，整體拆分率為99%，每個樣本拆分率偏差僅0.9%，樣本拆分均一性高，且單樣本數(shù)據(jù)量均滿足分析標(biāo)準(zhǔn)。

2.不同突變位點檢出頻率與理論頻率高度一致

利用DNBSEQ-G99對FFPE樣本進(jìn)行腫瘤變異頻率檢測發(fā)現(xiàn)，不同突變位點的檢出頻率都接近理論頻率。DNBSEQ-G99平臺可100%檢出突變頻率在1%以及5%的變異位點。

總結(jié)

以上實測數(shù)據(jù)表明， DNBSEQ-G99平臺實現(xiàn)了與StandardMPS 2.0測序試劑的完美適配，標(biāo)志著DNBSEQ-G99平臺所有讀長測序質(zhì)量均達(dá)到了Q40標(biāo)準(zhǔn)，在測序成本和質(zhì)量上實現(xiàn)了顯著優(yōu)化。這將極大地推動高通量測序技術(shù)在腫瘤學(xué)研究、傳染病領(lǐng)域、微生物等領(lǐng)域的廣泛應(yīng)用，為生命科學(xué)領(lǐng)域帶來深遠(yuǎn)的影響，推動相關(guān)研究和應(yīng)用邁向新的高峰。

追求極致、打破邊界，生命不息、創(chuàng)新不止。華大智造始終堅持在前沿基礎(chǔ)研究和關(guān)鍵技術(shù)上的戰(zhàn)略投入，致力于為全球用戶提供先進(jìn)的生命科技核心工具，以科技創(chuàng)新賦能生命科學(xué)產(chǎn)業(yè)的持續(xù)突破。未來，華大智造仍將不斷創(chuàng)新，推動建立更多高質(zhì)量的行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)，與全球合作伙伴一道加速科技普惠的到來。